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对于扫灭所有反抗阴谋势力和孝陵前处决的威慑，朱慈�R内心并未激起多达波澜，这些事情他已习以为常了。下免就是善后和安排官员安抚各地，更加全面的掌管整个江南，为大明的发展打下基础。
相关政策十部各官已经按部就班的实行，朱慈�R只需要考虑战略问题，制定政策。
现在漕运总督、南直隶巡抚等位置空缺，朱慈�R决定任命卢象升为漕运总督，调湖广巡抚方孔照为南直隶巡抚，宋应星为国子监为国子监祭酒。
他又以阎应元、张煌言等人补充为南直隶各府地方官的空缺，对支持新政的原复社士子陈贞慧等人补充礼部等部门空出的位置。
卢象升丁忧已经结束，朱慈�R原本是让其担任南直隶巡抚的，想想大明的流官制，担心皇帝老子的犟脾气耍性子不批，于是退而求其次，让卢象升整治漕运。
原湖广巡抚方孔照也是太子党的成员，由他调任南直隶最好不过，只是湖广巡抚的人选朱慈�R看一时没有适合的人选。
对于朱大典的善后，朱慈�R下令将刺杀朱大典的李大海凌迟处死，并掏出心、肝在朱大典的坟前致祭。
朱慈�R已经上书崇祯，追封朱大典为婺安伯、太子太保，议谥号“文肃”，按照巡抚阵亡例赐恤，入祀“忠烈祠”。
朱大典的几个子嗣皆有升官，长子朱万化升应天府府尹，次子朱万文升淮安府知府，三子朱万武在天武军中，外放松江府守备，四子朱万杰赏刑部员外郎，五子朱万雄赏礼部行走，长孙朱钰入南京国子监学习。
朱慈�R虽然对敌暴戾，但对追随自己的文臣武将一向不吝赏赐，给朱大典封伯已经是他尽最大努力争取了，日后称帝，他还准备追封朱大典为侯爵，以示对追随者的恩泽。
朱慈�R在考虑湖广巡抚的人选时，想到了丁忧结束的史可法。
听闻史可法为官无私清廉，两袖清风，可比包公、海瑞，他身为文武高官，食不甘味，寝不解衣，过年时将分到的肉食全分给将士，自己只用盐和酱油下酒。
朝中大臣们都不相信当过漕运总督的史可法不贪，崇祯皇帝也不信，派人在史可法丁忧回家的路上盘查，只在箱中找到几把扇子、酒杯和奏本，满朝文武不禁对他肃然起敬。
朱慈�R也敬佩史可法的为人，只是史可法出身东林，让他有些担心会不会抵制新政，不放心将湖广巡抚如此重要的职位让其担任。
史可法奉命进宫后，并没有化身圣人说教朱慈�R，双方的相见可以用一团和气来形容。
谈起江南的这场变乱，史可法先是对朱慈�R吹捧了约莫一刻钟，这才痛心疾首道：“为官之人饱受朝廷恩义，不思报效，却做这等祸国殃民之举，实在是大明之不幸。”
朱慈�R微微一笑，暗道这位大佬倒也精明，识大体！
史可法骂了一阵后，开始询问朱慈�R，道：“不知殿下对空缺的各官有何安排？”
朱慈�R将龙案上拟好的官员任免名单递给了他，笑眯眯道：“本宫准备将之呈报父皇，你觉得如何？”
对于朱慈�R的任免官员上报朝廷的态度，史可法颇为安慰，至少在明面上，皇太子还是尊重皇帝的，不过越是如此，他越觉得皇太子不简单，心机谋略不凡，懂得适可而止。
史可法小心翼翼的接过文书，定睛一瞧，不由得暗暗点头，由卢象升接任漕运总督，他还是信服的，只是为什么上面没有自己的名字呢......
看着史可法有些不自然的表情，朱慈�R又将一份拟定的几条政策递给他，笑道：“你对这些新政有何看法？”
史可法快速扫了几眼，心中微微一惊，太子这是要废除传统时代的“士、农、工、商”身份制度，废除军户制度，彻底取消江南各省所有卫所，这可是大动作啊！
史可法沉吟了一番道：“南直隶、浙江、湖广三省的卫所，在殿下的整改下已经名存实亡了，朝廷两年前已有政策，要求全国清查卫所土地，如今废除军户和取消卫所制，也是大势所趋，只是......”
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